Le Comité de Pilotage est l’organe décisionnel dans le cadre de la gouvernance du Projet.Il est présidé par le Premier Ministre et comprend en outre certains membres du gouvernement et d’autres structures administratives. L’un des membres du Gouvernement peux présider la réunion du Comité de Pilotage sur délégation du Président du Comité. Le Secrétariat du Comité de Pilotage est assuré par le Coordonnateur de l’Unité de Gestion du Projet.Le Comité de Pilotage se réunit au moins une fois par semestre sur convocation de son Président. Chaque réunion du Comité de Pilotage est sanctionnée par un Procès-Verbal dont copie est transmise au Premier Ministre. Ledit comité peut faire appel à toute personne dont l’avis est nécessaire à ses délibérations.

Le Ministère des Transports qui assure la maitrise d’ouvrage du Projet, a par l’arrêté n°0015/MT/CAB du 25 octobre 2022 créé L’Unité de Gestion du Projet de Construction du Port Sec de Ferkessédougou, qui gère quotidiennement la mise en œuvre du Projet. Elle est totalement dédiée à la gestion administrative, technique et financière du Projet. Elle assure pour le compte de l’État, auprès de l’ensemble des parties prenantes, le respect des stipulations contractuelles conclues et veille au respect des obligations de l’État. Le Ministre des Transports a nommé par arrêté le Coordonnateur du Projet qui assure les fonctions d’ordonnateur du budget Le personnel de l’Unité de Gestion du Projet est composé de fonctionnaires, d’Agents de l’État et de Contractuels, régis respectivement par le Statut Général de la Fonction Publique et du Code du Travail